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南通大学航海医学研究所建于1979年3月16日,是国家唯一的航海医学研究机构(军队除外),旨在研究航海环境危及健康的因素和预防技术。航海医学研究所现是航空、航天与航海医学硕士点的依托部门,该学科为江苏省重点学科,主要研究方向有:航海医学应用基础研究、航海预防医学及航海疾病与治疗。目前,在现有三大方向的基础上,又逐步增加“交通心理学”和“海洋药物开发”的投入,使主要研究方向更加切合本学科的发展趋势和社会发展的需要。